این غزوه بنام خندق نامبردار است.خَندَق (به فارسی سره: کَندَگ) نهر پرآب یا خشک و دست‌ساخت است که در قدیم گرداگرد شهر یا لشکرگاه می‌کندند تا از ورود دشمنان یا سیل جلوگیری شود. واژهٔ خندق عربی‌شدهٔ واژهٔ پارسی میانه کَندَگ و به معنی «کَنده» است. در زبان‌های کهن ایرانی چون اوستایی و فارسی باستان، ریشهٔ «کن» به معنی «کندن» امروزی به‌کار می‌رفته‌است و «فرکنتن» یعنی آغاز به ساختن ساختمان یا شهر.
وقتی محمد، پیامبر اسلام،بنی نضیر را، به دلیل خیانت، از سرزمینشان اخراج کرد، آنان راهی خیبر شدند و دیگر یهودیان را به جنگ با محمد تحریک کردند[۲]؛ بنی‌نضیر همچنین به مکه رفتند و قریش را به نبرد بامحمد واداشتند. قریش، پیشنهاد نمایندگان یهود را پذیرفت و به جنگ با محمد رهسپار شد. در این نبرد، هم‌پیمانان قریش بنی‌سلیم و غطفان و بنی‌اسد نیز به جنگ‌جویان سپاه مکه پیوستند. سپاهیان قریش، ده هزار تن و سه لشکر بودند که فرماندهی همه آن‌ها با ابوسفیان بود. بنی‌خزاعه، محمد را از برنامه قریش و جنبش ایشان آگاه کردند. پیامبر اسلام، برای جنگ یاران ویژه خود را گردآورد. برخی پیشنهاد کردند که به شیوه قلعه‌داری از یثرب، دفاع کنند و از بالای دژها و نقاط بلند با دشمن نبرد کنند. سلمان فارسی که با شیوه‌های جنگ ایرانیان آشنایی داشت، پیشنهاد کرد که گرداگرد شهر را خندق بکنند تا از پیشرفت دشمن به درون شهر جلوگیری شود و سپس با ساختن دژها و سنگرها در اطراف خندق، یا پرتاب تیر و سنگ، از گذر یافتن دشمن از خندق به سوی شهر، جلوگیری شود و پیامبر اسلام پذیرفت. کار کندن خندق با شتاب آغاز شد؛ کندن هر ناحیه‌ای از خندق به یک گروه از مسلمانان واگذار گردید و هر فردی به کندن چهل ذراع واداشته شد. یهودیان بنی‌قریظه نیز در کندن خندق، به مسلمانان یاری رساندند. کار خندق در شش روز به پایان رسید و برای آن درهایی گذارده شد و نگهبانی هر در به قبیله‌ای واگذار گشت و زبیر بن عوام به سرپرستی پاسداران درهای قلعه گمارده شد.
پس از عقب نشینی نیروهای قریش، مسلمانان سرزمین های قبیله یهودی بنی قریضه را محاصره کردند. پس از 25 روز محاصره، بنی قریضه بدون هیچگونه قید و شرطی خود را به مسلمانان تسلیم کردند. پس از تسلیم شدن آنان، مسلمین قلعه ها و مواضع آن ها با تسخیر کردند. محمد پیامبر اسلام یکی از صحابه خود به نام سعد ابن معاذ را برای قضاوت برای سرنوشت بنی قریضه انتخاب کرد و سعد حکم داد که همه مردان بنی قریضه کشته شوند، امکلاشان بین مسلمانان تقسیم شود و زنان و کودکان به اسارت برده شوند.
این حکم توسط محمد تایید شد و پیامبر اسلام عنوان داشت که این حکم بسیار به حکم خدا نزدیک است. پس از آن، وی دستور داد تا مجازات انجام شود و همه مردانی که به سن بلوغ رسیده بودند توسط علی بن ابی‌طالب گردن زده شدند. طبری تعداد کشته شده ها را 600 تا 900 نفر اعلام کرده است. در منابع دینی اهل سنت تعداد کشته ها دیده نمی‌شود اما آمده است که همه مردان و یکی از زن ها سر بریده شدند. به گفته ابن کثیر، چهار آیه قرآن به مجازات شدن بنی قریضه مربوط است
سرانجام، پنج تن از سپاه مکه به نام‌های عمرو بن عبدود، عکرمة بن ابوجهل، هبیرة بن وهب، نوفل بن عبدالله و ضرار بن خطاب موفق شدند از خندق بگذرند. در نبردهای تن به تن، عمرو بن عبدود به دست علی بن ابی‌طالب کشته شد. نوفل بن عبدالله پس از گذشت از خندق، سقوط کرد و سنگباران شد که در آن میان علی وارد خندق گشت و او را در آن میان کشت. ابوسفیان از ترس این‌که مسلمانان بدن نوفل را به انتقام حمزه، مثله کنند پیشنهاد کرد که پیکر مرده او را به ده هزار دینار بخرد؛ اما محمد نپذیرفت.
سپاه قریش پس از کشته شدن نوفل بن عبدالله و عمرو بن عبدود پراکنده شدند. محمد، حذیفه را مأمور کرد که از خندق گذشته از اوضاع دشمن اطلاعاتی به دست بیاورد. صبح، سپاه مکه آن‌جا را ترک گفته و کسی باقی نمانده بود.
